MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus CA-347 plasmid

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021552	TAA	2	6	14	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021552	ACT	2	6	42	47	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021552	TAA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021552	TTTA	2	8	88	95	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021552	TA	3	6	94	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021552	TAT	2	6	114	119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021552	AAT	2	6	126	131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021552	TAAA	2	8	157	164	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021552	TAAA	2	8	173	180	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021552	TTA	2	6	187	192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021552	T	6	6	223	228	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021552	ATC	2	6	1264	1269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021552	TGA	2	6	1282	1287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021552	CGA	2	6	1288	1293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021552	A	7	7	1293	1299	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021552	T	7	7	1539	1545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021552	A	6	6	1559	1564	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021552	TGTA	2	8	1592	1599	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021552	TTAAA	2	10	1740	1749	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021552	A	6	6	1859	1864	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021552	TTTG	2	8	1889	1896	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021552	AT	3	6	1907	1912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021552	TAA	2	6	2034	2039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021552	GA	3	6	2061	2066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021552	A	6	6	2241	2246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021552	GAA	2	6	2261	2266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021552	ATA	2	6	3095	3100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021552	TAAG	2	8	3117	3124	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021552	ATTT	2	8	3142	3149	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021552	AT	3	6	3152	3157	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021552	ATGA	2	8	3190	3197	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021552	AT	3	6	3210	3215	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021552	T	6	6	3271	3276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021552	TGA	2	6	3288	3293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021552	T	7	7	3308	3314	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021552	AAAG	2	8	3374	3381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021552	AAT	2	6	3392	3397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021552	TAGAT	2	10	3447	3456	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021552	T	7	7	3463	3469	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021552	TCT	2	6	3490	3495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021552	TTTTTG	2	12	3628	3639	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021552	AT	3	6	3648	3653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021552	AT	3	6	3684	3689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021552	A	6	6	3765	3770	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021552	TTTC	2	8	3803	3810	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021552	TATT	2	8	3819	3826	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021552	TTTC	2	8	3827	3834	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021552	TCG	2	6	3844	3849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_021552	A	6	6	3859	3864	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021552	GTA	2	6	3902	3907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021552	AATT	2	8	3923	3930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021552	A	7	7	3978	3984	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021552	CGA	2	6	3986	3991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021552	ACG	2	6	4067	4072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_021552	TTAT	2	8	4146	4153	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021552	TAA	2	6	4183	4188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021552	A	6	6	4288	4293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021552	GAA	2	6	4308	4313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021552	ATT	2	6	4443	4448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021552	TCT	2	6	5492	5497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021552	A	6	6	5512	5517	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021552	TA	3	6	5524	5529	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021552	GAC	2	6	5536	5541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021552	TAA	2	6	5581	5586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021552	TC	3	6	5599	5604	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021552	AG	3	6	5621	5626	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021552	CAT	2	6	5660	5665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021552	TCA	2	6	5674	5679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021552	GCTGT	2	10	5683	5692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021552	TAT	2	6	5697	5702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021552	CAA	2	6	5723	5728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021552	TAAT	2	8	5730	5737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021552	A	6	6	5762	5767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021552	ACT	2	6	5775	5780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021552	TA	3	6	5825	5830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021552	TAG	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021552	CTT	2	6	6884	6889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021552	TTG	2	6	6917	6922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021552	ATGAT	2	10	6950	6959	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021552	AG	3	6	6984	6989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021552	ATT	2	6	7021	7026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021552	TTA	2	6	7071	7076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021552	A	6	6	7431	7436	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021552	TAGCT	2	10	7474	7483	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021552	TA	3	6	7488	7493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021552	CTA	2	6	7527	7532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021552	TAA	2	6	7562	7567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021552	TAT	2	6	7590	7595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021552	A	6	6	7620	7625	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021552	AT	3	6	7657	7662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021552	ATT	2	6	7667	7672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021552	A	6	6	7689	7694	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021552	TGA	2	6	7732	7737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021552	TAT	2	6	7762	7767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021552	T	6	6	7774	7779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021552	TA	3	6	7781	7786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021552	AAAT	2	8	7819	7826	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021552	ATA	2	6	7834	7839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021552	ATA	2	6	7883	7888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021552	ATA	2	6	7895	7900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021552	TATT	2	8	7922	7929	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021552	AAT	2	6	8830	8835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021552	TAT	2	6	8866	8871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021552	AAG	2	6	8882	8887	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021552	ATA	2	6	11043	11048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021552	TTA	2	6	11072	11077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021552	AT	3	6	11104	11109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021552	CTT	2	6	11155	11160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021552	TAAG	2	8	11172	11179	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021552	CAA	2	6	11209	11214	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021552	A	6	6	11213	11218	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021552	TA	3	6	11268	11273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021552	AAT	2	6	14058	14063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021552	TA	3	6	14065	14070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021552	AGG	2	6	14093	14098	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021552	TAA	2	6	16145	16150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021552	CT	3	6	16201	16206	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021552	AACG	2	8	16217	16224	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_021552	ATG	2	6	16239	16244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021552	ATT	2	6	16263	16268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021552	TATT	2	8	16316	16323	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021552	GTT	2	6	16339	16344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021552	ATA	2	6	16365	16370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021552	TA	4	8	16381	16388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021552	AACAA	2	10	16393	16402	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_021552	A	7	7	16413	16419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021552	ATT	2	6	16429	16434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021552	TATTT	2	10	16448	16457	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021552	TAA	2	6	16468	16473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021552	GTT	2	6	16493	16498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021552	AT	3	6	16800	16805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021552	CATA	2	8	19778	19785	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021552	A	6	6	19789	19794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021552	T	6	6	19828	19833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021552	T	6	6	19860	19865	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021552	TGA	2	6	19867	19872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021552	A	6	6	19874	19879	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021552	TAA	2	6	19923	19928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021552	AGA	2	6	21220	21225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021552	AGA	2	6	21229	21234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021552	TTTG	2	8	21270	21277	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021552	ATT	2	6	21284	21289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021552	T	6	6	21288	21293	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021552	C	6	6	21312	21317	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
145	NC_021552	AT	3	6	21330	21335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021552	CAA	2	6	21385	21390	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_021552	ATA	2	6	21474	21479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021552	AGT	2	6	21481	21486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021552	TAA	2	6	21548	21553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021552	G	6	6	21555	21560	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021552	ATT	2	6	22478	22483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021552	AGA	2	6	22941	22946	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021552	AT	3	6	22968	22973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021552	T	6	6	23040	23045	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_021552	TAT	2	6	23069	23074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021552	T	6	6	23074	23079	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021552	TAACG	2	10	23107	23116	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_021552	ATG	2	6	23141	23146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021552	TCAT	2	8	23159	23166	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
160	NC_021552	CCT	2	6	23175	23180	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_021552	CT	3	6	23179	23184	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
162	NC_021552	GA	3	6	23202	23207	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021552	GAC	2	6	23210	23215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_021552	TCT	2	6	23235	23240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_021552	TAA	2	6	23262	23267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021552	TGT	2	6	23269	23274	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_021552	TA	3	6	23275	23280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_021552	ATAA	2	8	23287	23294	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021552	A	6	6	23585	23590	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021552	TTTG	2	8	23624	23631	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021552	GAT	2	6	23644	23649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021552	TA	3	6	23666	23671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021552	ATT	2	6	23710	23715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_021552	ATC	2	6	24460	24465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_021552	TAA	3	9	24522	24530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_021552	TAA	2	6	24537	24542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_021552	CATC	2	8	24554	24561	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.